Perjanjian damai telah membuat gencatan senjata untuk manusia dan Z/X, makhluk yang muncul dari retaknya ruang waktu yang terhubung ke dunia misterius. Menjadi rekan Z/X yang bernama Rigel, Kakamigahara Azumi harus mengemban nasib dunianya sendiri yang indah. Rekan yang tidak biasa ini pergi ke Akademi Fujimisaki yang baru didirikan, tapi apa yang menunggu mereka di sana?

Kisah ini berada dalam waktu yang tidak terlalu jauh dari masa kini. Lima “Black Points” tiba-tiba muncul di seluruh dunia sebagai portal paralel dengan dunia lain. Segera setelah itu, makhluk-makhluk aneh mulai melakukan invasi ke bumi dari portal itu. Makhluk ini adalah penghuni lima dunia yang sama tetapi dalam jangka waktu yang berbeda. Untuk memastikan jangka waktu masa depan mereka sendiri bertahan, masing-masing dari lima invasi pasukan pertempuran untuk menghapus masa depan lainnya timeframe keluar. Kuncinya adalah satu perangkat kartu berbentuk.

Cerita dimulai dengan wajah-off antara dua pahlawan saingan, ZET dan Alpha, dan kemudian menelusuri asal-usul mereka – Jin Kanzaki, seorang pemuda dengan kemampuan untuk berubah menjadi makhluk super yang dikenal sebagai ZET, dan Kouga Amagi, seorang pemuda dengan rasa keadilan yang kuat yang menggunakan teknologi untuk melawan sebagai Alpha. Para nasib kedua orang ini dan orang di sekitar mereka jalin karena mereka berjuang untuk melindungi umat manusia dan menghancurkan kekejian mengerikan dikenal sebagai pemain, yang ironisnya adalah kreasi dari Amagi Corporation, perusahaan yang didirikan oleh kakek Kouga itu, Mitsugai Amagi.

Zoids adalah mesin tempur binatang, sama seperti yang digunakan sehari-hari, seperti transportasi ataupun penggunaan khusus seperti perang.

Zoids, robot petarung berbentuk binatang yang sangat kuat, sekarang tidak lagi digunakan dalam peperangan, tetapi dalam kompetisi olahraga yang terorganisir. Tim Blitz, sekelompok petarung Zoid yang berjuang untuk mengukir namanya dalam Kompetisi Zoid Battle, pertemuan tak disengaja mereka dengan Bit Cloud, seoarang pencuri suku cadang Zoid, telah merubah nasib mereka. Bit membuktikan dirinya mampu mengendalikan Liger Zero, sebuah Zoid yang menolak untuk membiarkan orang lain masuk ke dalam kokpitnya. Dipimpin oleh Bit dan Liger, Tim Blitz terus maju menuju posisi puncak. Tapi dalam perjalanan mereka, mereka menarik perhatian yang tak diinginkan dari Backdraft Group. Sebuah organisasi petarung Zoid yang beroperasi di luar hukum yang ditetapkan oleh Komisi Zoid Battle. Backdraft menginginkan Zoid kuat untuk bergabung dalam kelompok mereka, dan mereka tertarik pada Liger Zero…

Zoids Wild menceritakan kisah sorang anak lelaki bernama Arashi yang terglia-gila dengan Zoid berkat ayahnya yang menjadi Zoids Hunter(Pemburu Zoid). Saat dia sedang berusaha menangkap sebuah Zoid, dia bertemu dengan Bacon dan teman-temannya yang sedang memburu sebuah Zoid yang kabur.

Sekuel dari Serial Zoids Wild.