Di suatu masa depan, ada Goha City yang dikuasai oleh perusahaan terbesar di sana yang bernama Goha Corp. Semua hal dari sekolah, duel sampai kehidupan sehari-hari diatur mereka. Odo Yuga merupakan anak kelas 5 SD Goha 7 dan selalu mengembangkan penemuan setiap harinya yang biasa dia sebut sebagai Road. Yuga berpikir kalau cara berduel yang ditetapkan orang dewasa sangat kaku dan tidak keren. Karenanya dia memutuskan untuk mengubah aturan dunia yang terlalu terbatas untuk anak-anak dengan bertarung dengan jalannya sendiri yang bernama Rush Duel. Pada suatu hari, Luke dari kelas sebelah mendengar kabar tentang King of Duel. Setelah menyelidikinya dengan Yuga, mereka bertemu dengan seseorang yang berdiri di suatu monumen penting itu. Supaya bisa diakui sebagai King of Duel, kau harus memenangkan duel dalam waktu yang terbatas! Kisah Yuga dan Luke untuk membalikkan dunia duel yang kaku dan tidak seru dengan gaya baru pun dimulai!

Kisah ini berada dalam waktu yang tidak terlalu jauh dari masa kini. Lima “Black Points” tiba-tiba muncul di seluruh dunia sebagai portal paralel dengan dunia lain. Segera setelah itu, makhluk-makhluk aneh mulai melakukan invasi ke bumi dari portal itu. Makhluk ini adalah penghuni lima dunia yang sama tetapi dalam jangka waktu yang berbeda. Untuk memastikan jangka waktu masa depan mereka sendiri bertahan, masing-masing dari lima invasi pasukan pertempuran untuk menghapus masa depan lainnya timeframe keluar. Kuncinya adalah satu perangkat kartu berbentuk.