Dalam versi alternatif masa kini, Tokyo telah hancur oleh serangan teroris yang mengejutkan, dan satu-satunya petunjuk identitas pelakunya adalah video aneh yang diunggah ke internet. Polisi, bingung dengan petunjuk samar-samar itu, tidak berdaya untuk menghentikan teror yang menyebar di tokyo. Sementara pencarian untuk dalang kriminal yang harus bertangung jawab atas tragedi ini, merujuk pada dua anak-anak misterius yang seharusnya tidak pernah ada. mereka menyebut diri mereka dengan nama Sembilan dan Dua Belas, dan membentuk organisasi yang bernama “Sphinx,” organisasi yang menghilangkan kenyamanan orang-orang.

Cerita ini berkisah tentang Mahiro Fuwa, seorang remaja yang keluarganya dibunuh secara misterius satu tahun sebelum dan temannya Yoshino Takigawa. Mahiro yang dihubungi oleh Hakase Kusaribe, pemimpin klan Kusaribe yang tersisa terdampar di sebuah pulau padang pasir yang tidak diketahui oleh pengikutnya, dan setuju untuk membantu Hakase dalam pertukaran bantuannya untuk mengetahui pelakunya atas kematian keluarganya. Setelah mengetahui niat temannya, Yoshino bergabung dengan dia pada quest untuk melawan klan Kusaribe yang berniat untuk terjaga “Pohon Zetsuen” yang kekuasaannya dapat membawa kehancuran bagi seluruh dunia.