Tahun 2029, Niihama telah menjelma kota metropolitan berteknologi tinggi, tempat warganya bebas mengganti anggota tubuh dengan bagian robotik. Di tengah dunia yang kian terhubung ini, Section 9 bertugas memberantas korupsi, terorisme, dan berbagai ancaman baru. Major Motoko Kusanagi, sosok tegas dari Section 9, memimpin perburuan terhadap hacker misterius berjuluk "Puppet Master"—sosok bertubuh nyaris seluruhnya robotik yang meninggalkan jejak korban tanpa ingatan. Semakin dalam ia menyelidiki, semakin rumit kasus ini, apalagi setelah Section 6 turut campur tangan. Di balik pengejaran itu, Motoko justru dihadapkan pada pertanyaan eksistensial tentang makna hidupnya sendiri—dan jawabannya mungkin hanya bisa datang dari Puppet Master itu sendiri.

Cerita anime ini diatur saat tahun 2027, satu tahun setelah berakhirnya perang non-nuklir keempat. New Port City masih belum pulih dari akibat perang saat pemboman. Kemudian, anggota militer yang terlibat dalam penyuuapan senjata yang ditembak mati. Selama pemeriksaan, Bagian Keamanan Publik Daisuke Aramaki melakukan pertemuan dengan Motoko Kusanagi, hacker cyborg tingkat tinggi yang ditugaskan untuk unit 501 Satuan Rahasia militer. Batou, seorang pria dengan “mata yang tidak pernah tidur,” mencurigai bahwa Kusanagi adalah orang di belakang pengeboman. Motoko dirinya sedang diawasi oleh kepala Rahasia Unit 501 Kurutsu dan agen cyborg.

Dibebaskan dari tugasnya di Organisasi 501, Motoko Kusanagi sekarang harus belajar bagaimana menerima perintah dari Aramaki. Seseorang hacks Logicomas, dan Batou enlists membantunya yang merupakan mantan perwira intelijen militer Ishikawa dan mantan ahli Borma artileri udara. Kusanagi juga berusaha untuk meminta sniper elite bernama Saito dan polisi yang menyamar Paz ke Bagian Keamanan Publik baru 9. dua kelompok saingan satu sama lain dalam kasus yang melibatkan seorang pria yang menerima kenangan palsu dari operasi transportasi pengungsi.

Ceritanya bermula ketika Motoko terbangun dari mimpinya bersama Batou, yang mengintip mimpinya. Dia kemudian memberitahunya untuk tidak melihat lobi mentalnya saat dia sedang istirahat, yang akhirnya dia pun meminta maaf akan hal itu. Dia melaporkan bahwa ada sebuah pemboman oleh teroris, dan Matoko menugaskannya untuk membawa semua orang ke tempat kejadian. Di samping Makoto, kekasihnya yang bernama Akira Hose bangun dari tempat tidur, dan bertanya apakah dia ada pekerjaan. Dia menjawab dengan sebuah maaf, dan Akira memberitahu Makoto bahwa waktu terlama dia istirahat adalah lima jam dan tujuh menit, kemudian mengijinkannya pergi dengan sebuah ciuman.

Seri ke-empat ini mengambil setting ketika terjadi perang pada musim dingin tahun 2028. Ketegangan meningkat di New Port City karena pada demonstran sedang berdemo besar-besaran. Hal ini menyebabkan terjadinya aksi tembak-menembak antara polisi dan para demonstran. Lalu, apa yang akan terjadi dalam insiden tersebut ?

Pada tahun 2027, setahun setelah berakhirnya Perang Dunia IV non-nuklir, sebuah bom meledak di Newport City, menewaskan seorang pedagang senjata besar yang mungkin memiliki hubungan dengan Organisasi 501 yang misterius. Pejabat Keamanan Publik, Daisuke Aramaki, mempekerjakan pengguna prostesis cyber seluruh tubuh dan hacker luar biasa, Motoko Kusanagi, untuk menyelidiki.

Nene-chuan yang sebenernya manusia, dirubah badannya jadi sebuah cyborg. Nene pergi ke sebuah pulau dan di kapal ini bertemu dengan seseorang dengan tujuan yang sama dan dari sinilah cerita berkembang dan Nene mendapat kekuatan dari orang tersebut.

Film-film akan menceritakan fenomena yang dikenal sebagai “Summer of Love” yang berlangsung sepuluh tahun sebelum anime Eureka Seven yang pertama namun tidak pernah digambarkan secara penuh. Film kemudian akan mengikuti alur cerita utama anime TV pertama dan berisi dialog dan adegan baru, rekaman yang direvisi, serta ending baru yang tidak ada dalam seri aslinya.

Pada tahun 2039, android pembantu tersebar luas sebagai elektronik untuk keperluan umum. Keiichiro kehilangan keluarganya karena kecelakaan lalu lintas dan pensiun dari bandnya. Suatu hari, dia menemukan android model lama di tempat sampah. Dia membawanya pulang, tetapi setelah membawanya ke toko reparasi dia diberitahu bahwa dia tidak bisa diperbaiki, jadi dia berencana untuk membuangnya. Keesokan harinya, Keiichiro menemukannya membuatkan sarapan untuknya. Maka mulailah hari-hari musim panas sebuah android tanpa ingatan dan anak lelaki tanpa mimpi.

Episode tambahan dari Kowarekake no Orgel yang ditambahkan dalam perilisan BD/DVD animenya.

Di masa depan yang jauh, individu yang mengagumi cara hidup lama tinggal di Kota Benteng Kowloon—kota kumuh yang menjadi tempat berlindung bagi mereka yang merindukan Hong Kong masa lalu. Agen properti Reiko Kujirai justru mendambakan tempat-tempat baru dan menarik di daerah tersebut. Sebaliknya, satu-satunya rekan kerjanya, Hajime Kudou, menikmati nostalgia yang dibangkitkan kota itu dan terganggu oleh hal-hal modern yang merembes masuk. Namun meski berbeda pandangan dan sering bertengkar tentang hal-hal sepele, keduanya sering menikmati kebersamaan mereka. Suatu hari, lelucon yang salah membuat Hajime melakukan pendekatan tak terduga pada Reiko, yang kemudian segera ia sesali. Bingung dengan tindakannya, Reiko mulai mencari penjelasan, hanya untuk menemukan masa lalu yang tidak ia ingat.

Dalam alur waktu alternatif, Jepang dibagi setelah kalah Perang Dunia II: Hokkaido dianeksasi oleh “Union” sementara Honshu dan pulau-pulau selatan lainnya berada di bawah kedaulatan AS. Sebuah menara raksasa misterius dibangun di Hokkaido dan dapat dilihat dengan jelas dari Aomori (prefektur utara Honshu) di Selat Tsugaru. Pada musim panas 1996, tiga anak kelas 9 telah membuat janji bahwa suatu hari mereka akan membangun pesawat terbang dan mengungkap misteri menara, tapi proyek mereka mulai ditinggalkan setelah gadis, Sayuri Sawatari, mulai mengalami penyakit tidur panjang dan dipindahkan ke Tokyo untuk pengobatan yang lebih baik. Tiga tahun kemudian, Hiroki Fujisawa secara tidak sengaja menemukan bahwa Sayuri telah mengalami koma sejak saat itu, dan ia meminta Takuya Shirakawa untuk membantu dia menemukan cara untuk menghidupkan kembali. Apa yang mereka belum tahu adalah bahwa ketidaksadaran Sayuri entah bagaimana terkait dengan rahasia menara dan dunia..

Hidup Kouichi Hayase empat belas tahun itu selalu menjadi biasa-biasa saja, jika tidak suram. Namun, hari-hari disiksa oleh teman sekelas dan melarikan diri ke fantasi menjadi pahlawan diletakkan berakhir ketika “kecelakaan” tertentu melimpahkan pada dirinya seorang gadis dan robot humanoid raksasa yang disebut “LINEBARREL”. Kekuatan luar biasa yang Kouichi memperoleh menempatkan dia dan segala sesuatu di sekitarnya pada rollercoaster tiba-tiba pertempuran, intrik dan persahabatan! Selama petualangannya, anak itu mulai mempelajari apa yang ditawarkan hidup; ia bertemu baru teman, tawaran perpisahan untuk yang lama, tetapi kebanyakan dari semua ia sekarang memiliki tanggung jawab yang cukup besar dan dipaksa untuk menghadapi dunia di sekelilingnya.

Selama pembangunan Bendungan Kurobe, sebuah artefak kuno ditemukan, dan Institut Penelitian Kurobe didirikan. Intelektual dari seluruh dunia berkumpul untuk mempelajari obyek, dan anak-anak dari orang-orang peneliti menghadiri Mt. Tate International Senior High School, termasuk putri kepala lembaga ini, Yukina Shirahane. Pada musim panas 2016, seorang samurai sekali lagi terbangun.