Perjanjian damai telah membuat gencatan senjata untuk manusia dan Z/X, makhluk yang muncul dari retaknya ruang waktu yang terhubung ke dunia misterius. Menjadi rekan Z/X yang bernama Rigel, Kakamigahara Azumi harus mengemban nasib dunianya sendiri yang indah. Rekan yang tidak biasa ini pergi ke Akademi Fujimisaki yang baru didirikan, tapi apa yang menunggu mereka di sana?

Louise, seorang penyihir pemula. Para siswa di Akademi Tristein memanggilnya “Zero Louise (Loise Si Payah)”, karena catatan keberhasilan dengan sihir adalah nol. Sekarang, sebagai ujian penting bakat sihirnya, dia harus memanggil peliharaan untuk melayaninya. Lalu, dia memanggilnya dengan sihirnya dan keinginan memiliki peliharaan yang “setia, indah dan kuat”, dan yang di dapat Hiraga Saito, seorang pemuda Jepang biasa. Sulit untuk katakan siapa yang lebih terkejut dan kecewa, tetapi peraturan tidak memungkinkan kesempatan kedua memanggil peliharaan yang lain. Louise terjebak dengan peliharaan anehnya antara dia dan dirinya.

Sekuel ini merupakan kelanjutan dari musim sebelumnya, tidak lama setelah perang. Louise dan Saito tampaknya mendapatkan di sepanjang sekarang sejak dia tahu bahwa ia telah menyerah satu-satunya kesempatan nya untuk kembali ke Tokyo untuknya. Cerita berlanjut sebagai Louise mulai menggunakan Void Sihir dari sebuah buku rahasia misterius dia telah menerima dari dia keagungan Henrietta, sementara seorang penjahat baru telah muncul di kota menyebabkan masalah.

Menyusul tindakan-tindakan heroik Saito dalam Perang dengan Albion di musim kedua, Saito & Louise kembali ke Tristain, hanya untuk memiliki rune yang mengikat Saito & Louise menghilang. Saito & Louise perjuangan dengan hubungan tidak lagi didefinisikan sebagai Guru & Familiar, karena mereka mencari seorang Elf yang memiliki kekuatan untuk mengembalikan orang mati, dan mungkin memegang kunci untuk memahami hilangnya Saito kekuasaan Gandalfr itu.

Pada akhir 90-an, di Cina, Tu Xiaoyi, seorang siswa sekolah menengah, tidak tertarik pada nilai dan lebih suka bermain video game dan menggambar manhua dengan temannya yang dijuluki “Hua Sheng” Suatu hari, ia dipilih oleh gurunya untuk menjadi perwakilan kelas bersama Yao Zhetian, seorang gadis yang sangat imut. Dia akan mengalami cinta dan kekecewaan pertamanya.

Natsuki Enomoto merupakan seorang mahasiswa tahun ketiga dari SMU Sakuragaoka yang punya perasaan pada teman semasa kecilnya yang bernama Yuu Setoguchi. Akan tetapi, dia tak mampu menghadapi perasaannya tersebut secara langsung namun meminta Yuu untuk membantunya dengan pengakuannya. Sementara Natsuki yang tak bisa ungkapkan perasaannya pada Yuu suatu hari diundang Koyuki Ayase ke sebuah acara pertemuan. Akankah Natsuki bisa mengungkapkan perasaannya itu pada Yuu? Ataukah akan tetap disembunyikan di dalam hatinya?.